Vinculado à Diretoria Jurídica, o Departamento Contencioso Judicial e Administrativo é responsável por examinar o aspecto legal dos documentos administrativos e jurídicos que envolvam a Instituição. Ele garante a manutenção e renovação de todos os títulos, outorgas e certificados, em especial o Certificado de Entidade Beneficente de Assistência Social em Saúde (CEBAS), além de elaborar, analisar, discutir e emitir pareceres sobre os instrumentos jurídicos em que a Fundação é parte interessada. Também são atribuições do departamento: