O Departamento de Projetos, Pesquisas e Inovação tem como principal objetivo identificar e incentivar oportunidades de projetos, além de propor e implementar o fluxo de tramitação para os projetos a serem executados no âmbito do Sistema FMUSP-HC, sempre em consonância com as políticas da Fundação. Ele também monitora o desenvolvimento dos projetos em curso e suas atividades estão sob a coordenação da Diretoria de Gestão Corporativa. Suas outras atribuições são: