O Departamento de Comunicação tem como principal objetivo zelar pela imagem institucional da empresa, além de planejar, projetar e executar o plano integrado de comunicação da Fundação. É responsável pelo gerenciamento do Site da Instituição, que é voltado ao público externo, assim como pela Intranet, o canal de comunicação interdepartamental que oferece aos colaboradores maior agilidade na busca por informações, documentos, relatórios, entre outros. Também é responsável pela elaboração do Jornal da FFM, distribuído, desde 2002, para o Complexo HCFMUSP, jornalistas, autoridades, empresas, instituições públicas e privadas. O Departamento está subordinado à Diretoria de Gestão Corporativa. Suas outras atribuições são: