A FFM participou e saiu vencedora, enquanto Organização Social de Saúde (OSS), na disputa pela administração do Instituto Perdizes (IPer), antigo Hospital Cotoxó, inaugurado em novembro de 2022 como centro de tratamento de pessoas que fazem uso prejudicial de substâncias psicoativas. 

Em 2023, em conjunto com o HCFMUSP, deu-se início ao Convênio Saúde Digital. É o primeiro e maior Programa de Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação (PD&I) em Saúde Digital da rede pública estadual. A FFM realiza a gestão administrativa, financeira e jurídica do Convênio, que implantou quatro iniciativas de telessaúde a fim de coletar dados e informações para construção de soluções inovadoras para ampliar e qualificar o acesso à saúde em todos os níveis de assistência. Por meio do Convênio, o HCFMUSP ainda atua em qualificações de profissionais da rede pública, compartilhando conhecimento. 

O Sistema Acadêmico FMUSP-HC agrega ainda outras experiências no tema, como a parceria com o Reino Unido para estabelecer um Plano de Saúde Digital, que tem como um dos desdobramentos a publicação "Diálogos Brasil-Reino Unido em Saúde Digital: Desafios e Oportunidades em Telessaúde”, lançada em março de 2022, na Sala da Congregação da FMUSP, diante de autoridades como o ministro Paulo Dias de Moura Ribeiro, do Superior Tribunal de Justiça, e o então Secretário de Estado da Saúde, Dr. Jean GorIntcheyn.

Por meio da área de Relações Institucionais, em 2024, a Fundação recebeu R$ 158 milhões a partir de indicação de emenda da bancada paulista na Câmara para melhorias em serviços de assistência e saúde, como adequações dos espaços de atendimento aos pacientes do SUS e renovação do parque tecnológico, fruto de um trabalho conjunto da alta gestão do Complexo HCFMUSP e dos Poderes Executivo e Legislativo.

A Instituição também realiza o gerenciamento das contratações de obras técnico-científicas do Sistema Acadêmico FMUSP-HC, o que possibilita o direcionamento de recursos para pesquisa, assistência e permanência estudantil.

A Fundação ainda está envolvida nas articulações para a reurbanização da Avenida Enéas de Camargo Aguiar e revitalização de todo o entorno do Complexo Hospitalar, em parceria com a Prefeitura de São Paulo. Outra melhoria articulada para a região é o reforço da segurança, um esforço conjunto com a Secretaria de Segurança Pública do Estado de São Paulo.