Na parte operacional, foi revisitada a estrutura organizacional da FFM, procurando dar mais agilidade aos processos internos. Foram reformulados regulamentos como Estatuto Social, Regimento Interno (aprovado pelo Conselho Curador da FFM e pelo Ministério Público das Fundações), Manual de Compras e Contratações, Código de Conduta, Contratação de Pessoas, dentre outros. O Departamento Jurídico também foi reestruturado e passou a atuar preventivamente com relação aos reguladores, além de analisar as mudanças na legislação e seus impactos. E, no momento, a Instituição está com edital aberto a fim de implantar um Sistema ERP (do inglês Enterprise Resource Planning) para integrar de forma digitalizada todas as áreas.

Desde 2022, a Fundação está cumprindo uma jornada do Planejamento Estratégico 2023-2027: Transformação em Prol da Efetividade, que conta com participação ativa de mais de 100 lideranças, atualmente trabalhando em 47 macroações com metas até o fim do período estipulado. Nesse grupo, a Identidade Organizacional (Missão, Visão e Valores) e a cadeia de valor da FFM foram revisadas e foi elaborada a Política de Gestão de Riscos. Para debater e acompanhar as iniciativas, é realizado anualmente um encontro, no qual também participam a Diretoria e conselheiros, tanto na plateia quanto como palestrantes. O Professor Paulo Gala (Conselho Consultivo), da Fundação Getúlio Vargas (FGV); a Dra. Fernanda Tovar Moll (Conselho Consultivo), presidente do Instituto D'Or de Pesquisa e Ensino; e a Dra. Camila Pintarelli (Conselho Fiscal), Procuradora do Estado de São Paulo Diretora de Gestão do Fundo Nacional de Segurança Pública, estiveram entre os palestrantes.

          
Professor Paulo Gala (Conselho Consultivo), da Fundação Getúlio Vargas (FGV); Dra. Fernanda Tovar Moll (Conselho Consultivo), presidente do Instituto D'Or de Pesquisa e Ensino;
e Dra. Camila Pintarelli (Conselho Fiscal), Procuradora do Estado de São Paulo Diretora de Gestão do Fundo Nacional de Segurança Pública.

Para manter uma governança robusta, célere e assertiva, a Fundação mantém, desde 2023, o Painel de Análise de Performance, que reúne indicadores dos Departamentos, bem como dos Contratos de Gestão e Portal da Transparência, para respaldar as decisões dos gestores e diretores. A partir destas informações, a cada trimestre, os diretores conduzem as Reuniões de Análise Crítica (RAC) para debater com os gestores sobre o andamento de projetos, prazos, aplicação de recursos e oportunidades de melhorias.

Também no último ano, o Escritório de Compliance lançou "Cartilha de Prevenção ao Assédio e à Discriminação” atrelada a campanhas de conscientização nos Institutos.