O Sistema Acadêmico de Saúde FMUSP-HC é reconhecido internacionalmente por sua produção científica na área de saúde. Voltadas principalmente à compreensão, prevenção e tratamento de doenças, as pesquisas desenvolvidas na instituição possuem grande aplicação na otimização da assistência oferecida aos pacientes e tornam o HCFMUSP um polo de geração de conhecimento na área médica e de saúde pública. Ademais, durante a pandemia de Covid-19 houve um significativo aumento nos estudos clínicos (ou ensaios clínicos), que são considerados o principal instrumento de validação da inovação no setor de saúde. Eles seguem rígidos parâmetros técnico científicos, éticos e legais, que são estabelecidos por consensos internacionais. 

As pesquisas científicas realizadas por meio da FFM contam com colaborações de outras instituições acadêmicas de saúde, nacionais e internacionais, assim como órgãos públicos e privados. 

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