Com a emergência sanitária imposta pela pandemia de Covid-19, a partir de 2020, o Sistema Acadêmico de Saúde FMUSP-HC desenvolveu diversas iniciativas para garantir uma assistência de qualidade à população. Além disso, em razão da sua natureza que integra pesquisa, ensino, assistência e inovação, os laboratórios científicos e os grupos assistenciais do Sistema investiram na geração de conhecimento acerca do vírus SARS-CoV-2, das características epidemiológicas da doença e seus impactos na saúde humana.
A FFM atuou diretamente na viabilização de contratos e parcerias com instituições nacionais e internacionais garantindo recursos para o desenvolvimento de pesquisas científicas que permitissem compreender tanto as características biomoleculares do vírus, quanto a prevalência da doença na população. Também foram financiados diferentes ensaios clínicos sobre novos tratamentos (fase I, II e III) e a evolução da doença em pacientes internados, além de estudos sobre os impactos da pandemia na saúde mental de profissionais de saúde e a eficácia da vacina.
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