O Sistema Acadêmico de Saúde FMUSP-HC presta assistência completa em todos os níveis de atenção à saúde. A atenção primária é realizada pelo Centro de Saúde Escola Butantã e Unidades Básicas de Saúde, a assistência de média complexidade (atenção secundária) é exercida pelo Hospital Universitário da USP e os procedimentos e atendimentos de alta complexidade (atenção terciária) são realizados pelos diversos institutos e unidades do Hospital das Clínicas da FMUSP (HCFMUSP). O Sistema conta ainda com centros especializados como o Serviço de Extensão ao Atendimento de Pacientes HIV/Aids e o Instituto de Tratamento do Câncer Infantil (ITACI).

Desde 1988, a FFM é responsável pelo convênio firmado entre o HCFMUSP e a Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo que destina assistência médica gratuita aos pacientes do Sistema Único de Saúde (SUS). Os atendimentos SUS do HCFMUSP (exceto o InCor) são assegurados por meio da destinação de recursos humanos e financeiros do Sistema no próprio Hospital e atingem, aproximadamente, 90% de todas as internações e procedimentos ambulatoriais realizados no complexo. O convênio garante ainda a realização de transplantes, implantes diversos, procedimentos de alta complexidade e assistência farmacêutica integral.

Atualmente, a Fundação emprega quase 12 mil funcionários dos quais mais de 90% estão dedicados à assistência e atendimentos aos pacientes do SUS. Ela também aplica recursos na infraestrutura do complexo por meio da aquisição de medicamentos, insumos, material de consumo, equipamentos, móveis, entre outros

Além disso, a partir de 2008, a FFM tornou-se responsável pela gestão do Instituto do Câncer do estado de São Paulo (Icesp), em 2010 do Instituto de Reabilitação Lucy Montoro (IRLM) e em 2022, do Instituto Perdizes (IPer).

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